ETF 세금 총정리: 일반계좌·ISA·연금계좌에서 얼마나 달라질까?

2026년 9월 25일 적용 기준. ETF 세금은 지수 이름보다 상장 시장, 상품의 세법상 유형, 계좌, 그리고 수익의 종류로 갈립니다. 국내 상장 국내주식형 ETF의 매매차익은 일반계좌에서 비과세지만 분배금은 과세됩니다. 국내 상장 해외주식형·채권·원자재 등 기타 ETF는 매매차익의 과세대상 금액과 분배금에 배당소득세가 붙습니다. 해외 상장 ETF는 매매차익을 해외주식 양도소득으로, 분배금을 배당소득으로 따로 봅니다. 이 글의 숫자는 한국 거주 개인의 통상적인 경우를 설명하며, 투자 수익을 보장하지 않습니다.

먼저 3가지 ETF를 나누세요

같은 미국 지수를 추종하더라도 한국거래소에 상장된 ETF와 미국 거래소에 상장된 ETF는 과세 경로가 다릅니다. 한국 상장 상품 안에서도 국내주식형인지 기타형인지 다시 확인해야 합니다. 삼성자산운용의 ETF 세금 안내는 국내주식형의 매매차익 비과세와 기타형의 과표기준가 규칙을 구분합니다. 상품명에 ‘국내’가 들어간다고 예외가 자동 적용되지는 않습니다.

표의 15.4%는 국세 14%와 지방소득세 1.4%를 합한 통상 원천징수율이고, 22%는 국외주식 양도소득세 20%에 지방소득세를 더한 통상 세율입니다. 국내 상장 ETF의 분배금과 과세 매매차익은 모두 배당소득 범주이지만 지급 시점과 계산 근거는 다릅니다. 해외 상장 ETF의 양도차익 22%를 분배금에 그대로 적용하지 마세요.

국내주식형 예외와 레버리지·인버스의 경계

국내 주식 현물 지수를 담은 전형적인 국내주식형 ETF의 매매차익은 비과세입니다. 그러나 국내 지수를 추종한다는 이유만으로 선물·스왑을 쓰는 레버리지나 인버스까지 같은 상자에 넣으면 안 됩니다. 삼성자산운용은 레버리지·인버스를 국내주식형 비과세 항목과 별도의 과세 항목으로 표시합니다. 실제 과세 분류는 해당 ETF의 운용사 상품 안내와 증권사 과세 정보를 매수 전에 확인하세요. 분배금은 국내주식형이라도 별도로 과세됩니다.

국내 상장 기타 ETF, 15.4%를 어디에 곱하나?

핵심은 매도대금 전체나 무조건 실제 매매차익 전체에 15.4%를 곱하지 않는다는 점입니다. 과세대상 매매차익은 매수부터 매도까지의 실제 매매차익과 그 기간의 과표기준가격 증가분을 비교해 작은 금액으로 산정합니다. 예를 들어 실제 차익이 500만원이고 과표기준가 증가분이 350만원이면 과세대상은 350만원, 통상 원천징수액은 53만9,000원입니다. 반대로 실제 차익이 300만원, 과표기준가 증가분이 500만원이면 300만원을 기준으로 46만2,000원입니다. 실제 손실인데 과표만 올랐다는 이유로 이익 500만원에 과세한다는 뜻이 아닙니다.

과표기준가는 시장가격과 별개로 상품의 과세대상 소득을 계산하기 위한 기준입니다. 분배금이 지급되면 매매차익 계산과는 별도로 지급액에 대한 배당소득 원천징수도 살펴야 합니다. 과표 조정, 취득단가와 분배금의 기록, 거래별 원천징수 내역에 따라 투자자별 최종 숫자가 달라질 수 있으므로 MTS의 세금 내역을 확인하세요. 운용사 과표기준가격 설명도 함께 참고할 만합니다.

해외 상장 ETF의 양도차익과 분배금은 별도 장부

미국 등 해외 거래소에 직접 상장된 ETF를 일반계좌에서 팔아 생긴 양도차익은 국내 상장 해외주식형 ETF의 배당소득 과세와 다릅니다. 한 과세연도에 실현한 다른 해외주식의 과세대상 양도손익과 함께 계산하고, 적용 가능한 주식 양도소득 기본공제는 연간 합산 250만원입니다. 국내 과세대상 주식 양도소득과도 법이 허용하는 범위에서 손익통산·공제를 합산하므로 ETF마다 250만원씩 새로 받는 제도가 아닙니다. 국세청은 국내·국외 주식 손익통산과 기본공제 합산을 안내합니다.

예컨대 해외 ETF에서 500만원의 양도차익만 있고 다른 과세대상 주식 양도손익·공제 사용액이 없다면, 250만원을 뺀 250만원에 통상 22%를 적용해 55만원입니다. 해외주식 손실이 있다면 적격한 범위에서 합산 결과가 바뀝니다. 환율 적용과 취득·양도 비용, 국외주식 과세대상 거주자 요건도 확인해야 합니다. 국세청의 국외주식 세율표는 일반적인 국외주식 소득세율 20%를 제시합니다.

해외 ETF가 지급하는 분배금은 팔아서 얻는 양도차익이 아니라 배당소득입니다. 현지 원천징수 여부와 국내 원천징수·신고 및 외국납부세액공제 가능 여부는 원천국, 조세조약, 개인의 소득과 납부증빙에 따라 다릅니다. 소득세법 제17조는 외국법인 배당과 일정 집합투자기구 이익을 배당소득으로 규정합니다. 해외 배당의 원천세율을 무조건 15%라고 고정하거나, 현지에서 낸 세금이 한국 세금에서 전액 자동 공제된다고 가정하지 마세요.

ISA는 같은 ETF의 세후 결과를 어떻게 바꾸나?

중개형 ISA에는 국내 상장 해외주식형 ETF를 담을 수 있지만 해외 거래소 상장 ETF를 직접 살 수는 없습니다. 조세특례제한법 제91조의18은 외국 집합투자증권을 ISA 운용대상에서 제외하고, 계약기간 3년 이상 등 요건을 둡니다. 삼성증권의 중개형 ISA 상품 안내도 해외주식 직접투자 불가와 국내 상장 해외 ETF 투자 가능을 구분합니다.

법정 요건을 채운 ISA에서는 과세대상 이자·배당 손익을 계좌 단위로 계산한 순이익 중 일반형 200만원, 서민형·농어민형 400만원까지 비과세하고 초과분에 국세 9%, 지방소득세 포함 9.9%를 분리과세합니다. KB국민은행의 ISA 세제 안내와 위 조세특례제한법이 같은 구조를 제시합니다. 비과세인 국내주식형 매매차익 또는 관련 손실까지 아무 제한 없이 다른 과세이익과 상계된다고 이해해서는 안 됩니다. 조기해지 등 요건 위반은 혜택 추징으로 이어질 수 있습니다.

동일 ETF, 과세대상 소득 500만원의 검산

가정은 한 개의 국내 상장 해외주식형 ETF에서 분배금과 매매차익의 과세대상 금액 합계가 500만원이고, 실제 매매차익과 과표기준가 증가분이 같으며, 다른 소득·손실·수수료·외국 원천세·종합과세 영향은 없다는 것입니다. ISA는 3년 등 요건을 충족해 해지한다고 놓습니다. 이는 투자원금이나 ETF 시장수익률 500만원을 뜻하지 않고, 두 계좌에서 동일하게 세금 계산에 들어가는 소득 500만원을 뜻합니다.

이 가정에서 일반형 ISA와 일반계좌의 세금 차이는 47만3,000원, 서민형·농어민형은 67만1,000원입니다. 현실의 과표기준가가 실제 이익보다 적거나 계좌에 다른 과세손익이 있으면 이 단순 비교는 달라집니다. 특히 국내주식형 ETF의 비과세 매매차익 500만원을 이 표의 일반계좌 77만원 사례에 대입하면 틀립니다.

연금계좌는 ‘무조건 3.3~5.5%’가 아닙니다

연금저축이나 IRP에서 허용되는 ETF를 매매·보유할 때의 과세 시점은 일반계좌와 다르고, 인출할 때 그 돈의 재원과 연금수령 요건이 중요합니다. 세액공제를 받지 않은 납입원금은 과세제외 재원입니다. 세액공제 받은 납입액과 운용수익은 적격한 연금수령이라면 연령에 따른 국세 5%·4%·3%(지방세 포함 5.5%·4.4%·3.3%) 원천징수 대상이 될 수 있습니다. 반면 이연퇴직소득을 연금으로 받으면 이연퇴직소득세를 기준으로 별도 비율이 적용됩니다.

연금외수령이면 세액공제 납입액과 운용수익은 통상 기타소득 국세 15%(지방세 포함 16.5%)가 문제되고, 이연퇴직소득은 퇴직소득세 체계로 계산합니다. 사적연금 연간 수령액, 부득이한 인출 사유, 수령연차에 따른 적용도 달라집니다. 국세청 연금계좌 원천징수표는 2026년부터 이연퇴직소득의 실제 연금수령연차 10년 초과 20년 이하 60%, 20년 초과 50% 적용도 명시합니다. 따라서 ETF 수익 전부가 단일 저율로 끝난다는 말은 피하세요. 상품 편입 가능 여부는 계좌 사업자와 상품 유형을 확인하고, 자세한 계좌 선택은 IRP 가이드를 참고하세요.

금융소득 2천만원 기준과 실무 체크

일반계좌의 국내 상장 기타 ETF 매매차익 과세분과 분배금은 배당소득입니다. 다른 이자·배당과 합산한 연간 금융소득이 2,000만원을 초과하면 금융소득종합과세를 살펴야 합니다. 기준은 납부한 세금 2,000만원이 아니라 이자·배당 소득 2,000만원입니다. 국세청 금융소득 종합과세 해설은 개인별 연간 금융소득 기준을 설명합니다. 해외 ETF의 양도차익은 이 배당소득 합산 기준과 별도이고, 그 ETF의 분배금은 배당 쪽에서 검토합니다. ISA의 요건을 충족한 분리과세 소득도 일반 금융소득종합과세와 구별하세요.

매수 전에는 ① 상장 거래소와 운용사의 세법상 유형, ② 분배 정책과 과표기준가, ③ ISA·연금계좌 편입 가능 여부, ④ 이미 받은 해외주식 양도차익과 이자·배당 규모를 확인하세요. 해외 자산을 담은 국내 ETF에서는 해외 원천세가 펀드 내부의 수익과 분배 재원에 영향을 줄 수 있습니다. 특히 2025년 이후 해외배당 원천세 처리 변경이나 2026년 과세이연·외국납부세액공제의 개인별 효과를 이 글의 단순 세율에 덧셈·뺄셈으로 확정하지 않습니다. 운용사 공시, 거래 증권사의 원천징수 내역, 신고 시점 법령으로 확인해야 합니다. ISA 구조의 자세한 내용은 ISA 가이드에서 이어서 볼 수 있습니다.

자주 묻는 질문

Q1. 국내 상장 S&P500 ETF도 해외주식 양도세 22%인가요?

아니요. 국내 상장 해외주식형 ETF라면 일반계좌의 매매차익 과세대상 금액은 배당소득으로 통상 15.4% 원천징수합니다. 미국 거래소에 상장된 ETF를 직접 매매한 경우의 양도소득과 구별하세요.

Q2. 국내주식형 ETF는 세금이 완전히 없나요?

아니요. 전형적인 국내주식형의 매매차익은 비과세지만 분배금은 통상 15.4% 배당소득 원천징수 대상입니다. 레버리지·인버스 등 파생형은 상품별 과세 분류를 별도로 확인하세요.

Q3. 해외 ETF 양도차익 공제 250만원은 종목마다인가요?

아니요. 다른 해외주식 등 적용 가능한 과세대상 주식 양도손익과 합산해 연간 기본공제 250만원을 적용합니다. 분배금에 이 공제를 적용하지 않습니다.

Q4. ISA에서 미국 상장 ETF를 직접 살 수 있나요?

아니요. 중개형 ISA에서는 해외 상장 ETF 직접매수가 불가능하고 국내 상장 해외주식형 ETF를 이용할 수 있습니다. ISA의 3년 등 요건도 함께 확인하세요.

Q5. 금융소득종합과세 2천만원은 세금인가요?

아니요. 기준은 연간 이자·배당 등 해당 금융소득의 합계액입니다. ETF 양도차익이 배당소득으로 분류되는 국내 기타형과 해외 상장 ETF의 별도 양도소득을 혼동하지 마세요.

주의사항: 이 글은 2026년 9월 25일 확인한 일반적인 국내 거주 개인 기준의 정보이며 세무·투자 자문이나 수익 보장이 아닙니다. 거주자 지위, 상품 구조, 과표, 외국 원천세, 다른 소득, 계좌 해지·인출 조건에 따라 실제 세액은 달라집니다. 매매·신고 전 운용사 공시와 증권사 세금자료, 최신 국세청·법령을 확인하세요.

공식·금융기관 참고자료

• 삼성자산운용 Kodex ETF 세금
• 조세특례제한법 제91조의18, 2026.9.18 시행
• KB국민은행 ISA 세제혜택
• 삼성증권 중개형 ISA 계좌 상품 안내
• 국세청 주식등 양도소득세 과세대상
• 국세청 양도소득세 세율
• 소득세법 제17조 배당소득
• 국세청 연금소득 원천징수방법
• 국세청 금융소득 종합과세 해설

위 자료 확인일: 2026년 9월 25일. 법령 링크와 금융기관 자료는 이후 변경될 수 있습니다.

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